.mac のメールが(;_;)

Mac のメーラーは Mail を使用しています。
Yahoo や @nifty のアカウントは Mail で受信すると Mac にダウンロードされます。
サーバーにも残しているので、職場からでも家からでも出先からでも操作できるので便利です。
サーバに異変があっても Mac にダウンロードしているから、まあ、メールを失うことはないでしょう。
一方、 Mail は .mac のアカウントのメールは Mac にダウンロードされず、サーバーのメール直接読みます(IMAP mail)。
職場からでも家からでも、あるいは出先からでも操作できるので便利です。
帰宅する前はサーバーにメールがあったのに、今はありません!!!!!!!!!!!!!
消えちゃってます。ゴミ箱にもありません。
BtToggle に関してとか、 JaPon に関してとか、Treo650 でのアプリの挙動とかのメールのやり取りが、消失。
古いメールは Mac にコピーしているので残ってますが。

Apple のサイトには「Mac OS X 10.3 Mail: メールボックスにメッセージやファイルを入れ過ぎると、予期せず空になる」てなことも書かれています。
なんとかこれからの対処を考えなければ。POP mail にすれば大丈夫なのか？
Mail アプリの問題なのか？